801潜艇远航开始，所有学员们都带着亲人、朋友还有爱人的牵挂再次远航，这将是一次时间与耐力的考验，对于所有人来说都是一场自己与自己的战斗。潜艇根据指示已经进入预定航道，在进行测试过程中，潜艇员汇报五舱出现了液压系统故障，尚堂(王阳 饰)请示前去查看，等尚堂到了五舱查看发现，液压系统是因为受到海底高压的影响出现了故障，尚堂跟周艇长汇报，得到周艇长指示后，开始及时抢修。周艇长安慰大家情绪道，五舱出现问题就说明801潜艇还有不足之处，但是大家要坚定信息，相信身边的战友，相信国家，一定能完成好这次深潜任务。随着潜艇不断深潜，已经成功到达五号海域，此时尚堂已经维修好五舱的液压系统，鹿宁(韩宇辰 饰)通过声呐发现海面上有不明舰体的航行噪音，周艇长指挥潜艇继续下潜，并发射鱼雷干扰弹击退不明舰体，过了片刻，鹿宁告诉大家，不明舰体已经远离，众人高兴不已，801潜艇慢慢浮出海面。周艇长和卢一涛(高旻睿 饰)出了潜艇舱，站在潜艇上面，周艇长问卢一涛，看着大海他心中在想些什么，卢一涛如实说，自己看着大海，就觉得一望无际，没有边界，周艇长笑道，大海是有尽头的，只要一直按照航线向前，卢一涛沉思片刻告诉周艇长，自己现在只要看到大海，就会觉得吕艇长还在自己身边，周艇长很欣慰卢一涛如此重情重义，也坚信吕艇长不会看错人，周艇长告诉卢一涛，接下来的长航将会考验大家的欲望和耐力，要卢一涛适时的将子晴给的锦囊妙计传达给大家。长航第15天，姜耀(徐洋 饰)的情绪开始不稳定，韩冰洋(金禹伯 饰)目前状态还很好，卢一涛安慰姜耀道，长时间的航行焦躁是正常的，可是姜耀不愿意承认自己焦躁，韩冰洋和卢一涛在旁边鼓励姜耀，进入潜艇，所有人都是血脉相连的，他们是一个整体，不可分割。时间继续推移着，长航进入第二十五填，卢一涛发现席楠(袁布 饰)已经一整天不吃东西了，他去跟政委汇报，政委说长时间航行厌食是正常现象，卢一涛将子晴交给他的第一个信封交给政委，政委让卢一涛带着席楠先去餐厅吧。晚饭时间，大家都聚集在餐厅，政委通过广播向大家传达了这段时间对大家艰苦耐劳精神的肯定，并说自己为大家准备了一份礼物，让大家静静的聆听来自龙宫的深海之音，政委声音落下，韩冰洋的琴声随着广播徐徐传出，悠扬的旋律如同母亲般温柔的手，渐渐抚慰了大家焦躁的内心，席楠听着音乐，觉得自己慢慢有了食欲，终于可以吃得下去饭了，卢一涛松了口气。长航已经五十天了，鹿宁已经两天两夜不合眼了，尚堂问他有没有听过音乐，卢一涛无奈道韩冰洋的手都快拉断了，可是什么效果都没有，卢一涛决定拿出子晴的第二封信，信上只写了一个字：动，卢一涛和尚堂理解了子晴的意思，于是带着大家伙开始做运动，运动使大家的身体得到了放松，鹿宁终于能闭上眼睛好好睡一觉了。卢一涛和尚堂两人还在较量着俯卧撑，最后尚堂还是不敌卢一涛，两人累瘫在地，卢一涛把最后一封信交给了尚堂，尚堂直问他这么做会不会后悔，卢一涛说出自己心里话，人生就是一个又一个的选择，但是自己绝不后悔，尚堂打趣他说以后要是自己和子晴有什么紧张，他可别后悔。司令将金子晴(刘璐 饰)和沈文(滕砹 饰)叫到办公室，说这次长航因为条件不允许所以没有让她们去，现在让他们去801艇即将到达的目标港口，在方舟号医疗船上为他们进行一次全面的体检和心理评估。两人保证一定完成任务。长航九十天，当周艇长宣布了这个九十天已经打破了中国海军长航的记录时，大家兴奋极了。周艇长说大家都承受了巨大的压力，同样的机器设备也是一样的，越是这种极限的时候，机器设备出现故障的几率就越大，需要大家继续保持高度的警惕。周艇长宣布801艇即将停靠目标港口进行补给和维修，所有的官兵都将分批接受身体检查和心里评估。高迪(张家鼎 饰)一高兴，撞在桌子上把脑袋撞伤了。在经过了九十天的长航后，大家终于第一次感受到了阳光照耀在身上的温暖。大家分开进行身体检查。金子晴和卢一涛在电梯遇到，两人坦然地相互问好，卢一涛说自己一切良好，子晴很欣慰。姜耀找到金子晴，说自己这次长航是一个很特别的体验，出发前先写好自己的遗书，明明自己还活在这个世界上，但是已经安排好自己以后的生活。姜耀将自己和父母关系的不好的事情告诉了金子晴，说自己发现最担心的其实就是父母和小夏。金子晴让他回去后就和父母和好，只要是他开口，父母一定很高兴的。金子晴找到尚堂，让他等着晚上结束工作后来找自己。尚堂高兴不已，被治疗的医生调侃。鹿宁借口自己胸闷想要沈文给自己检查一下，被韩冰洋不留情面的拆穿了。高迪躺在病床上，沈文来看他，两人发现竟然是老乡，相谈甚欢，不料被习楠中途截胡，把沈文带走了，高迪郁闷不已。习楠说自己在长航的最后都快忘了怎么表达了，但是现在就想把三个月都没有说的话全部说完，沈文笑着说洗耳恭听。